A Pannonhalmán megtelepedett bencés szerzetesek a korábbi évszázadokban mindig szoros kapcsolatban voltak a szőlőtermesztéssel és a borkészítéssel. Az adott kor legmagasabb szintű szőlő- és borkultúráját művelték. Az 1900-as évek elején az apátsági birtokméret kb. 100 hektárnyi lehetett Pannonhalma közvetlen környékén, de emellett Somlón és Tokaj-Hegyalján is rendelkezett birtokokkal az Apátság. Már abban az időben palackozott formában értékesítette fehér- és vörösborait, amelyek a történelmi határokon túlra is eljutottak.

A II. világháborút követő politikai és társadalmi átrendeződés lehetetlenné tette e több évszázados hagyomány folytatását, mivel a szőlőbirtokok és a pincészet is állami tulajdonba került. Az ezt követő évtizedekben a Pannonhalmán élő szerzetesek nem mondtak le a hagyományok újjáélesztéséről. 2000-ben kezdtek körvonalazódni azok a tervek, amelyek révén a Pannonhalmi Főapátság többségi és az MKB Bank Zrt. kisebbségi tulajdonhányadával 2000 m2 alapterületen 3000 hl tárolókapacitással 2003-ban felépült a Pannonhalmi Apátsági Pincészet.

Az építészeti tervezőmunkát a győri CZITA Építészeti Iroda végezte szoros együttműködésben a borászattechnológiai tervezéssel, amelyet Gál Tibor nemzetközi hírű egri borász biztosított, aki egyben a pincészet szakmai tanácsadója is volt.